《水生生物学报》 被中国生物学文摘、环境科学文摘、中国水产文摘、中国地理科学文摘、中国科学引文数据库、中国科技期刊万方数据库、中国科技期刊光盘版、生物学文摘(美国)、化学文摘(美国)、剑桥科学文摘(美国)、环境科学与污染管理/生物科学/水科学与渔业、动物学记录(英国)、国际农业与生物科学研究中心网络版(英国)等数据库收录。《水生生物学报》于2000年荣获中国科学院优秀科技期刊奖; 2001年荣获湖北省第四届优秀期刊奖;2002年被评为中国科学院重点资助的百种优秀期刊之一;2006和2008年分别荣获湖北省第五和第六届优秀期刊奖;2008年被评为中国精品科技期刊;在《中国学术期刊评价研究报告》(2009-2010)中,《水生生物学报》被评为“RCCSE中国权威学术期刊”。
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